マイクロソフト VSS 機能には特定の状況下でデータが破損するバグが見つかっています。
http://support.microsoft.com/kb/2748349
Veeam Backup & Replication(以下、Veeam) では VSS 機能を利用して整合性のあるバックアップ、レプリケーションを行う機能がついているため、このバグが Veeam に対してなにかしらの影響があるのではないかと気になります。
結論として、VSS 機能のデータが破損するバグは Veeam には影響はありません。
理由としては、Veeam では VSS を VMware のスナップショットを取得する際、ファイルシステムやアプリケーションを静止するために使用しており、データは VMware スナップショットのディスクイメージから読み込んでいます。そのため、データが破損している可能性のある VSS スナップショットを使用しません。
Veeam はこの VSS のバグを気にすることなく、安全にバックアップ、レプリケーションを行うことが可能です。

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