コンピュータを起動してもプログラムが起動しないようですが。

CloudBerry Backupは、Windowsサービスとして動作します。コンピュータの起動時にコンソールを実行する必要はなく、また実行する必要も全くありません。必要なのは設定とリストアのためだけです。サービスが全ての作業を行います。