バックアップ対象（VM01, VM02）からVM02を除外した場合、VM02のリストアポイントは指定した世代数を保持しますか？

いいえ、保持しません。
例えば、リストアポイントを4世代とした場合、バックアップを取得するたびに世代数が減っていきます。
11/1, 11/2, 11/3, 11/4とバックアップを取得し、11/5にVM02が除外されたバックアップを取得した場合、VM02のリストアポイントは11/2, 11/3, 11/4となり、11/1のリストアポイントは消されます。
最終的には11/4のリストアポイントがフルバックアップファイル内に残り続けます。
これを消すにはフルバックアップの再作成や再構成（Compact full）が必要です。