どのようにして差分レプリケーションが行われますか?

AS/400のミラーリングではトランザクションログとして「ジャーナル・レシーバ」を参照しますので、予め物理ファイルに対してジャーナルを起動しておく必要があります。
また、DBMotoからジャーナルを参照するためのプロシージャをAS/400のライブラリに対して作成する必要がありますが、DBMotoでAS/400の接続設定を行う際に簡単に作成することができます。

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