DB障害が発生してレプリケーションが停止した際の復旧が心配です。データの不整合が発生してしまうのでは？

DBMotoは最後に更新したトランザクションIDを常に保持しておりますので、DB障害復旧後には、障害発生前の最後のトランザクションIDからレプリケーションを再開します。よって通常はデータの不整合が発生することはまずありません。